Die Zentral- und Landesbibliothek Berlin verfügt über 76 Sondersammlungen.

Mit der Gründung der Berliner Stadtbibliothek (1901) entstanden aus wertvollen Teilen der 1815 gegründeten Berliner Magistratsbibliothek sowie aus Stiftungen und Schenkungen (u.a. Nachlässe und Bibliotheken bedeutender Berliner Persönlichkeiten) umfangreiche Sammlungen. Ein breites inhaltliches Spektrum ist bei diesen Sammlungen zu finden. Die Bestandsschwerpunkte reichen von historischen und literarischen Schwerpunkten bis zu sprachwissenschaftlichen, medizinischen usw. Eine ausführlichere Übersicht findet sich unter dem Menüpunkt Bestand.

Ein großer Teil der Sammlungen wurde zunächst auf den Hauptbestand der Bibliothek verteilt und nur wenige blieben gesondert aufgestellt. Anfang der zwanziger Jahre entstand eine eigene Abteilung Stiftungen und Sammlungen. Doch führten die Zerstörungen im Marstall-Gebäude und die Auslagerung hauptsächlich wertvoller Bestände während des Zweiten Weltkrieges zu einem jähen Ende dieser Bemühungen. Die Kriegsverluste gerade dieser Abteilung sind besonders groß.

Durch den Neubau der Berliner Stadtbibliothek (1966) wurde es Ende 1968 möglich, die Historischen Sammlungen geschlossen aufzustellen. Dort fanden dann nicht nur die Reste der aus Verlagerung zurückgekommenen Bestände Aufnahme, sondern auch wichtige Neuerwerbungen. Darunter müssen vor allem die  "Sammlungen des Berlinischen Gymnasiums zum Grauen Kloster (Streitsche Stiftung)"  hervorgehoben werden, die als Dauerleihgabe bis heute in der Zentral- und Landesbibliothek Berlin sind. Es ist eine der ältesten bibliothekarischen Sammlungen in Berlin, war vor dem zweiten Weltkrieg die größte Schulbibliothek in Deutschland und bietet bis heute trotz zahlreicher Kriegsverluste aufgrund der wertvollen alten Bestände einen umfassenden Einblick nicht nur in die Berliner Druck- und Literaturgeschichte.

Die Aufstellung einiger Sammlungen in einem Ausweichquartier seit den siebziger Jahren führte durch absolut unzureichende Lagerungsbedingungen erneut zu weiteren Verlusten. Anfang der neunziger Jahre konnten diese Bestände wieder ins Gebäude der Berliner Stadtbibliothek zurückgeführt, Sammlungen ergänzt und rekonstruiert werden.

Auch die 1954 eröffnete Amerika-Gedenkbibliothek hatte literarische Sondersammlungen, die sie bewahrte, vermehrte und erschloss. So u.a. die Sammlung Kleist, die sich als Dauerleihgabe im Kleist-Museum, Frankfurt/Oder   befindet. Für zahlreiche Anfragen aus Forschung und Medien wurden und werden gerade diese Sammlungen genutzt.

Mit der Fusion beider Einrichtungen 1995 zur "Zentral- und Landesbibliothek Berlin" wurden alle Sammlungen in einer Abteilung zusammengefasst und stehen der Benutzung in der Bibliothek zur Verfügung.

1998 wurde mit der EDV-Katalogisierung der historischen Sammlungen begonnen.

Bis in die jüngste Zeit hinein trägt die Zentral- und Landesbibliothek Berlin gemäß ihrem Stiftungsauftrag Sorge für Sammlungen, die in Berlin entstanden bzw. mit dieser Stadt in engster Beziehung stehen, so dass der Zuwachs durch so bedeutende Sammlungen wie die des bekannten Wirtschaftswissenschaftlers Jürgen Kuczynski oder des Dichters Franz Fühmann in die Bibliothek gelangten.