Über die Urheberschaft des durch Brandstiftung entfachten Feuers im Wallot-Gebäude entwickelte sich seit 1933 eine politische und wissenschaftliche Kontroverse, die von Beginn an sehr heftig geführt wurde. Für die Nationalsozialisten waren die Kommunisten die Verursacher des Brandes, für die Kommunisten hatten die Nationalsozialisten das Gebäude angezündet. Allerdings nahm die Polizei noch am selben Abend im Reichstagsgebäude den jungen Holländer Marinus van der Lubbe fest, gegen den dann auch ab 21. September 1933 vor dem Reichsgericht in Leipzig Anklage wegen schwerer Brandstiftung, die er in Verbindung mit den Kommunisten begangen haben soll, erhoben wurde. Angesichts vieler Zweifel an der Objektivität der Untersuchungen gelang es der nationalsozialistischen Führung jedoch nicht, die KPD öffentlich und glaubwürdig für den Brand verantwortlich zu machen. Van der Lubbe wurde am 23. Dezember 1933 zum Tode verurteilt und am 10. Januar 1934 hingerichtet, alle anderen Angeklagten wurden freigesprochen.

Im Ausland erschien ein von dem ehemaligen KPD-Reichstagsabgeordneten Willi Münzenberg initiiertes "Braunbuch" (Braunbuch 1978), das die Nationalsozialisten als Brandstifter anklagte. Freunde van der Lubbes in Holland veröffentlichten dagegen ein "Rotbuch", das dessen angebliche Unschuld bewies (van Soer 1983). Zweifellos gibt es einerseits gute Gründe für die Annahme, daß die Nazis den Brand selbst gelegt haben, andererseits sprechen gleichviel Argumente dafür, daß van der Lubbe Alleintäter war. Folgt man dieser These, für die Fritz Tobias 1962 entsprechende Nachweise vorlegte (Tobias 1962; Mommsen 1964), bedeutet das nicht, eine "NS-Unschuldstheorie" für alle folgenden Taten der Nationalsozialisten aufzustellen oder der "Gestapothese" zuzustimmen. Da es mit der Zeit schwierig wurde, neue überzeugende Beweise für die Tätertheorien vorzulegen, hat sich die Kontroverse über den oder die Täter bis heute fortgesetzt; zahlreiche Dokumenten- und Sammelbände wurden zu dieser Frage publiziert, so daß das Thema als ein Schwerpunkt der Historiographie über die frühe NS-Herrschaft gelten kann (Hofer u.a. 1972 und 1978; Calic u.a. 1973; Hofer u.a. 1992). Es diente sogar als Vorlage für ein Schauspiel (Geerk 1983).

Obwohl der Brand nachweisbar eine besondere funktionale Bedeutung für die Errichtung der terroristischen NS-Herrschaft erlangte, setzt sich in der neueren Diskussion der Forschung die Annahme durch, daß der Brand des Reichstags offensichtlich nicht von den Nationalsozialisten bewußt gelegt worden sei, sondern daß er vielmehr das Werk von Marinus van der Lubbe als Einzeltäter gewesen sei (Backes u.a. 1986).

Obwohl das Gebäude nicht völlig ausbrannte - stark beschädigt wurden nur Plenarsaal, Kuppel und angrenzende Räume sowie die Kellerräume -, ist es auffallend, daß es nicht sogleich wieder instandgesetzt wurde und die NS-Regierung das anfängliche Interesse an einem Wiederaufbau sehr rasch verlor. Die Reichstagssitzungen fanden dann bis zum Kriegsende nicht mehr im alten Wallot-Bau statt, sondern im Gebäude der gegenüberliegenden Kroll-Oper. Es ist durchaus anzunehmen, daß das Reichstagsgebäude als Ruine dem neuen Reichskanzler Hitler lieber war als ein nach wie vor intaktes Haus, das dem früher im besonderen Rampenlicht der Politik und des öffentlichen Interesses stehenden Parlament möglicherweise auch bei reduzierter Funktion weitere Aufmerksamkeit hätte zukommen lassen (Bracher u.a. 1960: 83 und 152). Schließlich wurden die Erneuerungsarbeiten ganz zurückgestellt, zumal Hitler auch an eine Vergrößerung des Reichstags im Sinne des von ihm für später geplanten gigantischen Versammlungsortes - der sogenannten "großen Halle" - der NSDAP-Funktionsträger des "Großdeutschen Reiches" dachte, so daß der bisherige Plenarsaal für seine Pläne sowieso zu klein war. Die Instandsetzungsarbeiten wurden jedenfalls abgebrochen. Ersatz- und Tagungsort blieb fortan die eiligst umgebaute Kroll-Oper.

Diese Situation geschickt ausnutzend, wurde der am 5. März 1933 neu gewählte Reichstag am 21. März nicht in Berlin, sondern mit einem feierlichen Staatsakt in der Potsdamer Garnisonskirche und mit anschließender militärischer Parade von Reichswehr, Schutzpolizei und sonstigen Wehr- und nationalen Verbänden traditionsträchtig eröffnet. Zur völligen Bedeutungslosigkeit sanken die eigentlichen konstituierenden Eröffnungssitzungen im Plenum der Kroll-Oper am Nachmittag des 21. März und am 12. Dezember 1933 herab. Sie waren für die "Parteigenossen" der NSDAP nur noch "lästige Pflichtübung". Parallel dazu erfolgten weitere Verhaftungen von oppositionellen und anderen mißliebigen Politikern. Da die NSDAP bei den Wahlen am 5. März nur die einfache Mehrheit (228 Sitze) erreicht hatte, versuchte sie - wie schon unmittelbar nach dem Reichstagsbrand -, durch weitere Verhaftungen von SPD- und Zentrums-Abgeordneten die Mehrheitsverhältnisse zu ihren Gunsten zu verändern. Die 81 kommunistischen Mandate wurden annulliert. So vermochte es die NSDAP schließlich, am 23. März die Zustimmung des Reichstages zum Ermächtigungsgesetz zu erlangen. Mit Ausnahme der noch anwesenden SPD-Abgeordneten und der verhafteten Abgeordneten stimmten alle Parteien dem "Gesetz zur Behebung der Not von Volk und Staat", wie das Ermächtigungsgesetz offiziell lautete, (mit 444 gegen 94 Stimmen) zu. Damit besaß die Reichsregierung an Stelle des Parlaments die Gesetzgebungs- und Verfassungsänderungsbefugnis. Mit Erlaß des "Vorläufigen Gesetzes zur Gleichschaltung der Länder mit dem Reich" vom 31. März 1933 wurde der KPD zudem die Sitzzuweisung für den am 5. März gewählten Reichstag endgültig verwehrt. Das Parlament wurde danach nur noch ein Ort für "Führerreden" und sonstige vornehmlich an das Ausland gerichtete Propagandaakte. Am Ende des Ausschaltungsprozesses des Reichstages während der ersten Regierungsmonate Hitlers standen schließlich die Auflösung und das Verbot der Neugründung demokratischer Parteien.

Schließlich unterblieb die mehrmals geforderte Umwandlung in eine neu zu schaffende Ständekammer oder neue Volksvertretungs-Institution, die nach den Vorstellungen der Nationalsozialisten nur noch die Funktion eines reinen Beratungsorgans wahrnehmen sollte. Nach diesen NS-Vorstellungen sollte an Stelle des Reichstags ein "nationalsozialistischer Senat" treten (Hubert 1992: 99), für den keinerlei Abstimmungsverfahren, sondern nur noch eine unverbindliche Beratungsaufgabe vorgesehen war. Es gab zwar mehrmals Ansätze, diesen Senat an Stelle des Reichstags einzurichten, nach Beginn des Krieges blieben derartige Pläne aber ebenso wie Vorstellungen über eine Reichsreform zum inneren Aufbau des NS-Staates unverwirklicht. Auch ohne Durchführung der Senatspläne wirkte der aus NSDAP-Mitgliedern zusammengesetzte Reichstag als ein derartiges Gremium.

Wie Hitler bereits in der Diskussion über das Ermächtigungsgesetz am 23. März 1933 angekündigt hatte, wurde der Reichstag in den folgenden Jahren nur noch "sporadisch und allein aus Zweckmäßigkeitsgründen einberufen" (Hubert 1992: 63); dies erfolgte in den 12 Jahren der NS-Herrschaft 19 Mal. Sämtliche Abgeordnete des Reichstags gehörten nach der Selbstauflösung der Mitte- und Rechtsparteien und nach dem Gesetz gegen die Neubildung von Parteien vom 14. Juli 1933 der NSDAP als Regierungspartei an und waren Adolf Hitler als "Führer" der NSDAP zur unbedingten Gefolgschaftstreue verpflichtet, so daß das Einparteienparlament keinerlei Kontrollorgan der Regierung mehr war.